清同治年间爆发的陕西回民大起义，是当时全国农民起义洪流中的一股强大支流，而华州是这次回民起义的首义地区之一，其斗争也极其激烈。
        当时华州回、汉民杂居，沿渭河一带，回民尤多，往往聚堡而居。他们除了同汉民一样遭受清朝封建统治者和地主阶级的政治压迫和经济剥削外，还遭受民族歧视和民族压迫。清朝封建统治者为了分而治之，惯于挑拨回、汉人民关系，制造种种矛盾和隔阂。起义爆发前夕，华州的回、汉民之间冲突迭起，械斗尤烈。由于封建统治者偏汉抑回，回族人民的反抗已处于一触即发之势。
        同治元年（1862），太平天国扶王陈得才部经鄂北、豫西入陕。四月，太平军越秦岭到达西安外围，省城告急。太平军的到来，极大鼓舞和推动了关中回民的反清斗争，统治阶级深恐回民与太平军联合起来，立即采取了消灭回民以孤立太平军的政策。华州、渭南一带，到处有“见回不留”、“天意灭回”、“杀回有赏”的转帖。回民被逼上了非反不可的道路。华州、渭南和大荔一带的回民着着手准备武装斗争。
        由于太平军逼近渭南，华州部分团练被派赴渭南抵御，一些回民团勇因受到怀疑而被遣散。这些被遣散的团勇回华州途中，在圣山因伐竹与当地汉民发生冲突。化州知州濮垚在审理此案时，偏汉抑回，竟说：“汉伤回民，十以一抵，回伤汉民，一以十抵”、“打死一回即少一贼”。州衙快班头秦英系回民，见此景忿忿不平，奔走相告。回民闻讯，人人气愤。而华州团练头子白祥生偕渭南团练头子张映兰却率团勇搜杀回民17人于麦田。回民不看迫害凌辱，反抗怒火不可遏止，于四月十七日，纷纷挈家度过为何，与渭南、大荔的回民汇合，在任武、赫明堂等人领导下，建立了以大荔的王阁村、羌白镇和渭南的仓头镇为中心的起义据点。四月二十五日，华州团练在戈连珠、毕步高、吕永吉等率领下，渡渭河“追剿”起义回民，被消灭于渭南孝义镇东。
        这是，太平军已攻占渭南，并准备东进华州。化州知州濮垚率团勇赴赤水防御，于四月二十六日夜被太平军击溃。参加堵截太平军的华阴团练却与华州团练一起，将沿渭河回民村庄焚烧一空，并抢掠财物。太平军占领华州城随之东去。濮垚又立即率扼守渭南，放回民渡河南攻。五月九日回民军从仓头强渡渭河，迅速攻占了华州城。并在华州各地攻寨克堡。濮垚率团勇游击顽抗，并袭击回民军后方，但强大的回民军从五月至次年初一直活跃在华州全境，沉重打击了汉族地主阶级。但由于时代与历史的局限，也杀了许多无辜的汉族人民。
        华州、渭南、大荔的回民起义后，关中各县回民纷纷响应，起义烈火燃遍关中。甘肃的回民也举行起义，与陕西回民军东西呼应。清朝政府惊恐万状，于同治元年（1862）八月派钦差大臣胜保率骑兵、步兵8千人入潼关围剿回民军。清军一部行至华州石堤河时，遭到回民军截击，军火辎重损失殆尽。胜保入关后，屡战屡败，被清廷治罪杀死，由多隆阿接替胜保。多隆阿采取武力镇压和诱降并重的办法，使回民军接连遭到失败。回民军退出华州、渭南向西撤退，到陕、甘交界处与甘肃起义回民军共同进行抗清斗争。同治五年（1866），另一支农民起义武装西捻军进陕，回民军与之配合，又杀回关中。同治六年（1867）六月初时，回、捻军合兵由渭南白王渡渡河攻入华州城，于第二天又主动撤走。不久，清军将领左宗棠率部入关镇压起义军。在西捻军撤出陕西，进入山西、直隶后，左宗棠全力进攻回民军，迫使回民军再次撤入甘肃。后在甘肃、青海、宁夏、新疆等地坚持斗争数年。